両端からのリードをマッピング

本稿では、リードをゲノム配列にマッピングする作成する例を紹介する。

前提

bwa memを使うこととする。

手許にあるbwaが最新版でない場合bwaをインストールする。最新版はhttp://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ で確認できる。

$ lpm install https://koke.asrc.kanazawa-u.ac.jp/lpm/repository/bwa.lpm

もしくは

$ wget https://koke.asrc.kanazawa-u.ac.jp/lpm/repository/bwa.lpm
bwa.lpmを適当なエディタで編集
$ lpm install bwa.lpm

で行う。エディタで編集するべきところは、基本的にはインストールするbwaのバージョンの違いに対応する分だけである。

$ bwa index chara0.clean.contigs.fasta

bwaのマニュアルを見ながら、オプションを検討して実行する。下記の例では、8 thread使用する他はdefaultのpair end mappingを行う。

bwa mem -t 8  ~/chara0.clean.contigs.fasta s_1_1_sequence.5M.fastq s_1_2_sequence.5M.fastq  > l1.5M.sam