準備

ABySSのコンパイル・インストール

LPMのインストール

笠原さんのLPMシステムを使ってABySSをインストールします。 まずLPMのインストールですが、http://www.kasahara.ws/lpm/quickstart.html にしたがい

% wget http://www.kasahara.ws/lpm/lpm
% chmod +x lpm
% ./lpm initlocaldir

とします。"% "はプロンプトを表します。csh, tcshでは"% "がプロンプトとして使われる事が多いですが、sh, bash等では"$ "が使われます。 従って例のこの部分はタイプしません。

この後source ~/.tcshrcによって設定を有効にします。

gcc-4.4をgccとして使えるようにする

ABySSの正常なコンパイルにはgcc-4.4以上とsparsehashライブラリーが必要となっています(。1.3.0はboostも必要になりました)。現在NIBBのシステムのデフォルトのgccのバージョンは4.1.2であり、gcc44, g++44の名前でならgcc-4.4が使えるようになっています。そこで、gcc44, g++44にたいするシンボリックリンクをpathの上位である~/lcl/binにgcc, g++という名前で作成すればその後、gcc, g++ として自動的に使えるようになります。

% wget http://koke.asrc.kanazawa-u.ac.jp/lpm/repository/gcc44-virtual.lpm
% lpm install gcc44-virtual.lpm

sparsehashのインストール

% lpm install sparsehash

boost

openmpi

openmpiがシステムレベルでインストール済みである事を期待している。 もし、事前にインストール済みでない場合は、管理者に相談する。 自分が管理者で、OSがCentOS等の場合は、rootにて

# yum install openmpi-devel

を実行する。

ABySSのインストール

trans-ABySSにつなげる場合はversion 1.2.5までにする必要がある。

ABySS 1.3.0がリリースされたので下記は今後改訂予定になっています。

また、ゲノムのアセンブリー向けには1.2.7に著者のShaun Jackmanよりメーリングリストに投稿されたパッチをあてるのが最新である。このpatchはあてないとそれなりの確率で失敗となるので必須である。

configure optionとしてはmpiを有効に使うためには、mpiのパスを正しく教えてやる必要がある (--with-mpi=/usr/lib64/openmpi/1.3.2-gcc)。うまく自動検出はされないようである。

また、kmerのデフォルトの上限は６４であるが、configure optionによってより大きいkが使えるようになる(--enable-maxk=96)。

version1.2.5と1.2.7を共存させるには、それぞれのパスを分ける必要があるのだが、 結構面倒なので、どちらを使うかに応じてlocal directoryの切り替えもしくは 再インストールで対応する。 

% wget http://koke.asrc.kanazawa-u.ac.jp/lpm/repository/abyss-k96-mpi132.lpm
% lpm install abyss-k96-mpi132.lpm